十三年，九月初旬，江苏和浙江开战。江苏方面，号称苏、皖、赣、闽四省联合，而浙江方面，则联合淞沪镇守使，组成浙沪联军。主力军相持于昆山。别将则在苏州、嘉兴间，宜兴、长兴间作战。至九月中旬，而奉直战事亦作。奉军于九月廿二日陷朝阳。进攻山海关，陷九门口。吴佩孚亲临前敌指挥。自十月六日，大战开始。江、浙方面，孙传芳自福建入浙。九月十八日，陷杭州。卢永祥宣言：将浙江交还浙江人。把军队都撤至淞沪之间。十月九日，松江陷落。十三日，卢永祥下野。二十二日，冯玉祥自古北口回兵北京。和胡景翼、孙岳[1]宣言组织国民军。冯为第一军，胡为第二军，孙为第三军。十一月二日，曹锟辞职。于是山东宣告中立。山西兵扼守正太路和京汉路的交点。国民一军占杨村，三军入保定。奉军陷滦州、山海关、秦皇岛，抵塘沽。吴佩孚自海道南下，经南京、汉口回河南。冯玉祥、张作霖会于天津，推段祺瑞为临时执政。段于十一月二十四日入京。
当直奉大战时，南方亦出兵北伐，分攻湖南、江西。北方政局既变，段祺瑞请孙中山北上。中山于十二月三十一日至北京。时孙中山主张开国民会议，以解决时局。段祺瑞就职后，亦宣言于一个月内，召集善后会议，以解决时局纠纷；三个月内，召集国民代表会议，以解决根本问题。并声言：“会议成功之日，即为祺瑞卸职之时。”孙中山以其所谓两会议者，人民团体，无一得与，[2]命国民党员，勿得参与。十四年，三月十二日，孙中山卒于北京。段祺瑞所召集的善后会议，于三月一日开会，仅议决军事、财政两善后委员会的条例而止。后来两委员会于十月五日开会。因时局纷乱，也就无从议起了。