在小说《于少保萃忠全传》中,于谦和王文受刑时高喊出“以莫须有效奸贼秦桧之故套,诬陷某等于死。天乎昭鉴!”在史书中对于这件事,也是以类似的口吻“死之日,天日如骤变,阴霾四塞,天下并冤之。”来表述百姓对于谦屈死表示的不满。朱祁镇造成的后果,自己不愿更改,于谦的平反便落到了他的继任者朱见深(朱见浚后来改名)的身上。随着陆续有官员上疏,于谦案在成化年间得到了昭雪。于谦的儿子于冕、于康获释回到了老家,恢复了于谦生前的官职,故宅也得御笔亲题“忠节祠”。
弘治年间,追赠于谦为特进光禄大夫、柱国、太傅,谥诰祠额,谥号“肃愍”,并为于谦雕塑铜像,春秋两祭。
嘉靖年间,又将于谦配享功臣庙,与开国功臣刘基等一起祭奠。
万历年间,认为“肃愍”不能彰显于谦的忠贞功德,改谥号为“忠肃”,子孙世袭。